Happy School chú trọng việc áp dụng phương pháp giảng dạy hiện đại trong các giờ học: dạy học phân hoá, dạy học thông qua trải nghiệm.

Đối với dạy học phân hoá: Happy School được phân hoá theo năng lực đối với các bộ môn: Tiếng Anh, Toán; Tiếng Việt/ Ngữ văn. Việc phân hoá theo năng lực sẽ giúp người học được tham gia học tập trong môi trường phù hợp, các giải pháp hỗ trợ được tối ưu hoá giúp quản trị sự tiến bộ hiệu quả hơn. Đối với dạy học thông qua trải nghiệm: trong từng tiết học, nội dung bài giảng được gắn với bài học thực tế đời sống, phương pháp này tăng cường hứng thú học tập với các em học sinh, giúp việc tiếp thu kiến thức diễn ra một cách tự nhiên, bài học trở nên hấp dẫn và thú vị. Không đơn thuần chỉ ghi nhớ kiến thức, các em được khuyến khích đưa ra các giải pháp cho các vấn đề đang diễn ra xung quanh mình.